Depuis 2009, le conflit entre des groupes armés, dont le Groupe sunnite pour la prédication et le djihad – couramment appelé Boko Haram – et les armées du Nigeria et de la sous-région a causé la mort d’un nombre considérable de civils. Les quelque 2,9 millions de déplacés et réfugiés de la région du lac Tchad (ONU 2020), et particulièrement du nord-est du Nigeria (plus de 2 millions de déplacés), sont nombreux à vivre dans des villes, des camps ou des enclaves contrôlées par les militaires, dans des conditions extrêmement précaires.
La guerre entre la mouvance Boko Haram et le gouvernement s’est intensifiée en 2015 avec l’offensive de l'armée nigériane avec l’aide de pays frontaliers pour chasser Boko Haram des principales villes de l’État du Borno, dont Maiduguri sa capitale, a entraîné des bombardements, des déplacements forcés de populations et des violences contre les civils et a généré des situations sanitaires extrêmes dans plusieurs zones enclavées de l’Etat. Tandis que l’armée nigériane continue ses opérations contre les insurgés, les groupes armés affiliés à Boko Haram poursuivent leur stratégie de terreur, en multipliant les attaques et les massacres dans la région du lac Tchad, dont de nombreuses zones sont inaccessibles aux acteurs humanitaires. Lorsqu'elles le sont, les travailleurs humanitaires sont pris pour cible et sont de plus en plus régulièrement victimes d'enlèvements, de prises d'otages et d'assassinats. Les interventions d’assistance aux populations menées par Médecins Sans Frontières (MSF) se concentrent donc dans les villes-garnison tenues par l'armée et dans les camps de déplacés et de réfugiés, comme ceux de Maiduguri ou de Rann. Lorsque cela est possible, des visites sont organisées dans des zones davantage reculées.
Les conséquences du conflit sur les populations sont immenses. Sur place, MSF gère des services d’urgences, des blocs opératoires, des maternités et des unités de pédiatrie. Les équipes fournissent ainsi des soins nutritionnels, mènent des campagnes de vaccination et prennent en charge le traitement du paludisme, de la tuberculose et du VIH. Elles soutiennent également les victimes de violences sexuelles, assurent des programmes de santé mentale et approvisionnent certaines zones en eau et assainissement.
En juin 2016, MSF se rend dans la ville de Bama, dans l’État de Borno dans le nord du Nigeria, ville contrôlée par l’armée dans une enclave en plein cœur d’une zone d’affrontements avec Boko Haram. Les équipes y découvrent une situation sanitaire désastreuse pour des milliers de personnes et des taux de malnutrition aiguë extrêmement élevés.