Le DIH est la matrice de ce que l’on appelle « l'espace humanitaire ». Ce sont les textes du DIH (Conventions de Genève et les textes fondamentaux sur lesquels repose l’action de la Croix-Rouge) qui ont permis, à l'origine, de définir les principes opérationnels fondateurs de l’action humanitaire, dont se revendique MSF :
- La neutralité : elle consiste à ne pas prendre part à un conflit directement ou en s’alliant à l’un ou l’autre des belligérants. Pour un acteur humanitaire, elle implique de faire admettre que les actions de secours ne constituent pas en elles-mêmes des actes hostiles, ni une contribution effective à l’effort de guerre de l’un des belligérants.
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L'impartialité : dans les Conventions de Genève, c’est le terme « impartial » qui qualifie l’action de secours humanitaire. Ce principe essentiel de l’action humanitaire qualifie le secours sans discrimination. L’impartialité ne doit pas être confondue avec une neutralité arithmétique de l’aide qui consisterait à donner des secours de façon égale à chaque partie en présence sous prétexte de n’en favoriser aucune. L’impartialité exige que les secours soient donnés de façon prioritaire aux personnes qui en ont le plus besoin, quelle que soit leur appartenance.
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L'indépendance : l’action humanitaire doit chercher à être indépendante de toute pression politique, financière, militaire. C’est autour de cette notion que s’organise la différence entre l’action humanitaire conduite par des États et celle conduite par des organisations privées. Le caractère privé de l’organisation ne suffit pas à lui seul à prouver l’indépendance de celle-ci. Des éléments tels que le financement général de l’organisation, ses principes fondateurs et la transparence de son fonctionnement doivent être pris en compte. MSF enracine son autonomie d’action dans son indépendance financière, puisque la quasi-totalité de son budget est financé par des donations privées.
Le DIH pose également des principes particuliers concernant l’assistance médicale aux victimes des conflits. Considérant le rôle des organisations humanitaires impartiales dans les secours médicaux et protégeant impérativement la mission médicale au profit des malades et blessés dans les conflits armés, le DIH permet de déclencher concrètement des leviers d'actions pour les opérations de secours médical de MSF dans les pays en conflit. Le travail de MSF est ainsi mené dans le respect des règles d'éthique médicale, notamment le devoir de prodiguer des soins sans causer de préjudice et d'assister toute personne en danger avec humanité, de manière impartiale et dans le respect de la confidentialité.
Depuis sa création, MSF se confronte en permanence à l’évolution de la nature des conflits et/ou de la pratique des relations internationales. Ces enjeux (guerre contre le terrorisme, importance croissante des droits de l’homme et des mécanismes judiciaires internationaux, opérations militaro-humanitaires etc.) conduisent MSF à repenser constamment les modalités de son action et de ses dénonciations.
Le DIH combine toujours l'assistance et la protection car il cherche constamment à mettre en relation le volume des secours matériels avec la négociation des critères d'accès, de distribution et de contrôle par des organisations impartiales. Pour MSF, cette négociation est un élément primordial de la dimension protectrice de ses actions de secours.