La plupart des communautés les plus touchées par les inondations se trouvent dans l’État de Jonglei, où les pluies saisonnières sont arrivées plus tôt que prévu et ont provoqué le débordement des zones humides et des affluents du Nil Blanc. Dès le mois de mai, dans les villages de Haat et Pakur, dans l’ouest du comté d’Ayod, les intempéries ont forcé 6 000 personnes à fuir leur domicile. Le 8 août, les crues ont détruit une clinique de Médecins Sans Frontières et plusieurs maisons à Haat. L’association a évacué son équipe vers Old Fangak, situé à quatre heures de bateau à moteur, avant de regagner la zone pour organiser des cliniques mobiles.
« Dans la région de Haat, nous avons assisté à des inondations catastrophiques, explique Émilie Allaire, cheffe de l'équipe médicale de MSF à Old Fangak. Le centre du village a été inondé sous plusieurs mètres d’eau, forçant toute la population locale à se déplacer sur les derniers terrains qui n'ont pas été inondés. » Les communautés touchées par cette catastrophe ont été particulièrement affectées : tout a été détruit. Les gens logent dans des huttes faites de bâtons et parfois de bâches en plastique. Il n'y a pas de latrines, ni d'eau potable.