A Maiduguri, dans le quartier de Gwange, l’association gère un hôpital pédiatrique doté d’une unité de soins intensifs, avec une capacité de 80 lits, qui augmente en période d’épidémies, telles que la rougeole ou le paludisme durant la saison des pluies. Dans le quartier de Fori, MSF prend en charge les enfants souffrant de malnutrition dans un centre de traitement nutritionnel intensif.
A Gwosa et Pulka, des villes-garnison, les équipes de Médecins Sans Frontières dispensent des soins d’urgence et ont des services de chirurgie, elles traitent les victimes de violences sexuelles et fournissent aussi des soins de santé mentale auxquels s’ajoutent les soins de santé primaire à Pulka.
Par ailleurs, à Bama, Banki, Ngala, Rann et Pulka, une campagne de chimioprévention a été lancée pour lutter contre le paludisme chez les enfants.