La pandémie de Covid-19 a également eu un impact direct sur la capacité de MSF à fournir des soins essentiels dans ses projets réguliers, notamment dans son programme de chirurgie. Celui-ci s’était considérablement développé en 2018 suite à la violente répression des manifestations de la « Marche du retour » par l’armée israélienne.
Les équipes MSF avaient en effet commencé à proposer des chirurgies reconstructives et orthopédiques, des changements de pansements, de la physiothérapie, des cours d’éducation sanitaire et un soutien psychosocial à des milliers de Gazaouis blessés. MSF a été contrainte d'adapter ses activités régulières et de réduire ses services non urgents, pour renforcer les mesures de prévention et de contrôle des infections dans ses installations, ainsi que pour libérer des lits supplémentaires pour les patients Covid-19 dans certains des hôpitaux où l’association travaille.