MSF a également continué à soigner des enfants et des adolescents, ainsi que des patients à un stade avancé du VIH. Fred Econi, chef de l'équipe médicale MSF d’Arua et membre de l'équipe médicale depuis 2006, se souvient de la création des premiers groupes MSF dédiés aux enfants : « Ils ont été créés pour des enfants diagnostiqués parfois très jeunes. Certains avaient six mois et beaucoup ont grandi au sein du programme MSF. » Plus tard, d’anciens patients MSF devenus adultes ont créé l’association Maisha, qui a intégré le dispositif de soutien aux enfants et adolescents. Une journée spéciale a été créée pour eux, afin qu’ils puissent recevoir des conseils et des informations, tout en se rencontrant autour d’activités ludiques. « C’est à ce moment-là que j’ai commencé à comprendre que nous n’étions pas seuls, explique Jordan Opileni, l'un des fondateurs de Maisha. J’étais dans un groupe de personnes qui me ressemblaient et j’ai commencé à reprendre espoir. Cela nous a aidé à accepter, car c’est la chose la plus difficile pour une personne séropositive. Sans acceptation, vous ne voyez pas l'utilité des médicaments, ni même de la vie. »
Plus de 20 ans après le soutien initial de MSF aux personnes vivant avec le VIH à Arua, d'énormes progrès ont été réalisés en termes de traitement médical de la maladie. Des connaissances accrues et une meilleure gestion clinique, ainsi qu'une meilleure acceptation de la part des patients et de la communauté – même si une certaine stigmatisation persiste – ont permis des progrès significatifs vers la stratégie 95-95-95 de l'ONUSIDA. Selon la dernière évaluation de l’impact du VIH sur la population ougandaise en 2020-2021, 80,9 % de la population ougandaise connaissait son statut sérologique, 96,1 % d’entre eux suivaient un traitement ARV et 92,2 % avaient leur charge virale supprimée. À ce stade, le système immunitaire du patient est renforcé et le risque de transmission de l'infection par le VIH est considérablement réduit. De plus en plus de personnes vivent désormais avec le VIH dans le pays : 1 400 000 personnes en 2022, selon l'ONUSIDA, alors qu'elles étaient 530 000 en 2003. Cela s'explique par une plus grande sensibilisation, davantage de tests et une mortalité plus faible due à la maladie : 14 000 personnes sont mortes du VIH/SIDA en 2022 contre 78 000 en 2003.