Entre 1999 et 2003, un conflit intercommunautaire en Ituri, opposant Lendus et Hema, a fait des dizaines de milliers de victimes. Les forces de la Mission de l'Organisation des Nations unies en République démocratique du Congo (MONUSCO) déployées dans la région étaient dépassées jusqu'à ce que l'ONU autorise l'Union européenne à déployer l'opération Artémis, en juin 2003. Bunia est alors sécurisée, certaines milices neutralisées, des mandats d’arrêts internationaux sont lancés contre les seigneurs de guerre les plus notables, et plusieurs d'entre eux sont effectivement emprisonnés à La Haye pour être jugés devant la Cour pénale internationale. La région a néanmoins renoué avec la violence depuis la fin de l'année 2017, principalement dans sa partie nord, dans le territoire de Djugu.
En Ituri, MSF apporte son soutien à quatre hôpitaux généraux de référence, 12 centres de santé, trois postes de santé et 32 sites de soins communautaires dans les zones de santé de Drodro, Nizi, Bambu et Angumu pour la prise en charge des maladies pédiatriques, de la malnutrition, du paludisme, des violences sexuelles et de la santé mentale.