Entre 2006 et 2011, les violences s’intensifient en Somalie et la population, en quête de sécurité, continue de fuir vers le Kenya. En septembre 2009, les camps atteignent le triple de leur capacité. Les abris, l’eau potable et les installations sanitaires manquent. En 2009, les enquêtes de santé et de nutrition menées par MSF au mois d'avril dans le camp de Dagahaley révèlent des taux élevés de malnutrition aiguë parmi les réfugiés, alors qu’ils font déjà face à une diminution des rations alimentaires.
En 2011, la Corne de l’Afrique subit une terrible sécheresse. Chaque jour, des centaines de réfugiés somaliens arrivent à Dadaab, où l’accès aux biens essentiels tels que la nourriture, l’eau, un abri et des installations sanitaires est restreint.
MSF ouvre de nouveaux centres de nutrition thérapeutique afin de prendre en charge un afflux de patients qui arrivent dans un état de malnutrition grave. De nouveaux camps sont construits pour accueillir les réfugiés. La population de Dadaab atteint plus d’un demi-million de personnes, ce qui en fait alors le plus grand camp de réfugiés dans le monde.
Deux logisticiens MSF sont enlevés en octobre 2011 et l’association décide de retirer l’ensemble de son personnel international de Dadaab. En août 2013, en l’absence de garanties suffisantes en matière de sécurité, MSF prend la difficile décision de quitter la Somalie, après 22 ans d’activité.