Début mars, une tempête, entraînant de très fortes pluies, a touché le Malawi, avant de se diriger au large des côtes mozambicaines. Elle s’est ensuite intensifiée sous la forme d’un cyclone : le cyclone Idai. Dans la nuit du 14 mars, Idai est retourné en direction des côtes, ravageant la ville portuaire de Beira, qui abrite quelques 500 000 personnes, ainsi que les districts environnants.
Dès que les avions ont à nouveau pu atterrir, après la réouverture de l'aéroport, MSF a envoyé une petite équipe d'urgence depuis Maputo, afin de s’assurer de la sécurité du personnel MSF présent sur place dans le cadre d’un projet de prise en charge du VIH et afin d’évaluer les besoins pour une intervention d'urgence à grande échelle, à Beira et ses environs. Cette première équipe s'est élargie à plus de 60 collaborateurs internationaux. Ceux-ci travaillent aux côtés du personnel MSF déjà présent à Beira et recrutent rapidement des renforts locaux supplémentaires, pour aider à répondre aux besoins.