Les premières vagues de réfugiés fuyaient les combats qui ont éclaté à Juba, le 8 Juillet 2016. Depuis, plus de 630 000 personnes ont trouvé refuge en Ouganda. Plus récemment, l'arrivée massive de population est une conséquence directe de l'insécurité et de la violence généralisée dans la région d'Equatoria.
Les personnes qui arrivent en Ouganda appartiennent à des groupes ethniques divers.
Le pont de Busia est un cordon ombilical entre le Soudan du Sud et l'Ouganda. Il est très fréquenté par les réfugiés qui passent habituellement tôt le matin et retournent plus tard dans la journée récupérer leurs bagages, cachés de l'autre côté de la frontière.
En mai 2017, 1 613 nouvelles personnes en moyenne entraient chaque jour en Ouganda pour fuir le Soudan du Sud.