Ces affrontements sont aussi à l'origine de nombreux bombardements dans les grandes villes pakistanaises qui ont fait des centaines de tués et des milliers de blessés.
Dans la province du Balouchistan, un autre conflit fait rage depuis longtemps déjà sans que les médias n'y prêtent la moindre attention.
Partout dans le pays, les soins de santé font généralement défaut, et le Pakistan affiche des taux de mortalité materno-infantile parmi les plus élevés de la région.
Les conditions de vie déjà difficiles dans les régions reculées du Pakistan ont empiré avec l'escalade de la violence au cours des deux dernières années. L'insécurité et les restrictions des déplacements limitent l'offre de services médicaux aux personnes les plus démunies.
MSF n'a pas pu apporter d'aide médicale au cours des combats qui ont sévi dans la zone de Kurram, de Swat et dans le sud du Waziristan.
L'intensification de la violence dans la vallée de Swat, située dans la province de la frontière du nord-ouest, a obligé MSF à suspendre ses activités d'urgence en avril. MSF est la seule organisation internationale disposant d'une équipe internationale permanente apportant son soutien à l'hôpital de la ville de Mingora et offrant des services ambulanciers dans la région.
Au mois de février, deux travailleurs médicaux de MSF, Riaz Ahmad et Nasar Ali, ont trouvé la mort lorsque l'ambulance qu'ils conduisaient a été visée par des hommes armés. Les deux hommes se rendaient dans la ville de Charbagh pour aller chercher des civils blessés par les combats.
Tandis qu'en mai plus d'un million de personnes fuyaient une offensive des forces gouvernementales contre des rebelles basés à Swat, beaucoup d'autres se sont retrouvées coincées entre les tirs des belligérants ou ont été immobilisées par le couvre-feu. Elles se sont retrouvées privées de nourriture, d'eau et de soins médicaux.
Les civils ont continué de fuir Swat et Buner pour se rendre dans les autres parties de la province de la frontière du nord-ouest ; la plupart se sont installés avec les familles résidentes. Il a été extrêmement difficile de fournir de l'aide en raison de l'insécurité. Il était également difficile d'identifier les personnes cherchant refuge dans les grandes villes, mais MSF est parvenue à aider beaucoup de personnes réfugiées dans des écoles, des centres communautaires et des maisons privées. Certaines personnes déplacées se sont abritées dans une vingtaine de camps improvisés dressés par le gouvernement pakistanais.
MSF a mis sur pied des camps pour des milliers de personnes à Mardan et à Lower Dir. De nombreuses personnes ont souffert d'épuisement en raison de la chaleur et ont attrapé le choléra.
Avant de pouvoir retourner chez elles à la fin de l'été, des milliers de personnes ont été soignées dans les hôpitaux et dispensaires de MSF ainsi que dans les camps pour personnes déplacées mis sur pied par MSF dans les districts de Mardan, de Malakand, à Peshawar et à Lower Dir.
Mais les hôpitaux n'ont pas désempli. De nombreux patients à Lower Dir souffraient de graves blessures de guerre, et parmi eux, des enfants présentant des blessures provoquées par des armes à feu ou des engins explosifs. À la fin du mois d'octobre, l'armée pakistanaise a rouvert le feu contre les rebelles dans le territoire tribal de Bajaur, entraînant une nouvelle fois la fuite de la plupart des populations locales vers Lower Dir.
MSF a apporté son aide à 1500 de ces familles.
À la mi-octobre, l'armée pakistanaise a attaqué les rebelles retranchés dans le sud du Waziristan, un vaste district montagneux dans les territoires tribaux fédéraux sur la frontière avec l'Afghanistan. 300 000 personnes ont pris la fuite vers le district voisin de Dera Ismael Khan.
Alors que les équipes de MSF ont identifié des besoins considérables dans les principaux hôpitaux du district, les autorités, à la fin de l'année, interdisaient toujours la présence du personnel international. Dans le territoire tribal de Kurram, le système des soins de santé s'est quasi effondré à cause des combats.
MSF travaille dans le territoire de Kurram depuis 2004 et propose depuis 2006 des services de consultation materno-infantile dans les villes de Sadda et d'Alizai. Depuis le mois de décembre, les combats se sont intensifiés, obligeant des milliers de personnes à se déplacer. Seul le couvre-feu permet à la population de rejoindre l'hôpital à Sadda pendant quelques heures par jour, ce qui réduit fortement l'accès au traitement.
Le 9 décembre, pour la deuxième fois en six mois, une roquette s'est abattue sur l'hôpital de Sadda. MSF a appelé toutes les parties impliquées dans le conflit à respecter la sécurité de l'hôpital de manière à garantir aux patients nécessitant des soins de santé un accès à un traitement en toute sécurité.
Conflits et précarité sont le lot des habitants du Balouchistan. Dans le meilleur des cas, la région de l'est propose une assistance minimale en matière de santé. Les taux de mortalité infantile et maternelle y sont très élevés. Jusqu'à la fin du mois de novembre 2009, MSF a pris en charge plus de 3 509 enfants malnutris dans le cadre de son programme nutritionnel d'urgence.
Dans l'ouest du Balouchistan, MSF a fourni des soins de santé aux réfugiés afghans et à de nombreuses personnes des zones balouches près de Quetta et de la frontière afghane, et a apporté une aide médicale aux mères et aux enfants, assurant entre 250 et 330 naissances par mois.
Dans une région où les puissances occidentales impliquées dans des opérations anti-insurrectionnelles sont aussi d'importants bailleurs financiers, l'apport d'aide humanitaire est largement associée aux objectifs politiques. Comme dans toute zone de conflit, MSF tente de se démarquer de cette confusion, en rappelant q'elle est une organisation médicale internationale et privée qui opère indépendamment de tout objectif politique, religieux et économique.
Au Pakistan, MSF n'accepte aucun financement provenant des gouvernements et ne compte que sur ses dons privés obtenus auprès du grand public.