La récurrence des conflits armés n'est pas le seul obstacle limitant l'accès aux soins de santé en RDC : le manque d’infrastructures, de personnel médical et les dysfonctionnements du système de santé rendent également difficile la réponse aux besoins des populations. Le pays s'étend sur un vaste territoire et sa géographie impose des défis, notamment logistiques, à l’intervention des équipes humanitaires. Il faut en effet parfois plusieurs jours pour atteindre les villages reculés de certaines régions, avec dans le cas de campagnes de vaccination par exemple, l’obligation de respecter la chaîne du froid pour préserver la viabilité des vaccins.
De nombreuses maladies comme le paludisme, le choléra, les fièvres hémorragiques ou la rougeole sont endémiques dans le pays. La lutte contre le paludisme en RDC est souvent présentée comme un succès depuis le début des années 2000, avec une diminution générale du nombre de cas. Pourtant, la RDC concentre toujours 12 % des cas dans le monde (OMS, 2019), et touche particulièrement les enfants. Les populations congolaises doivent également faire face à des épidémies de choléra, favorisées par la sécheresse et les déplacements de population.
Depuis des décennies, le pays est également touché par des épidémies de rougeole et la maladie connaît des résurgences majeures depuis 2010. La rougeole est particulièrement dangereuse pour les enfants de moins de cinq ans, alors qu’elle est facilement évitable grâce à la vaccination, pouvant réduire la mortalité infantile de 50 %. Extrêmement contagieuse, elle peut entraîner de multiples complications et être mortelle. En l’absence de traitement antiviral, le personnel soignant traite d'abord les symptômes, évite les complications et contrôle la fièvre des patients. MSF intervient notamment lors de campagnes de vaccination massives, en prévention ou en réponse aux urgences, pour éviter la propagation des épidémies.
Dès 2018, les équipes MSF ont observé une augmentation inquiétante du nombre de cas de rougeole dans plusieurs provinces du pays et ont aidé le ministère de la Santé à contrôler la transmission de la maladie. L'épidémie de rougeole est officiellement déclarée par les autorités du pays en juin 2019, s'avérant la plus meurtrière depuis des dizaines d'années. Présente dans les 26 provinces de la RDC, son taux de létalité se révèle très élevé par rapport aux précédentes. Pour limiter la propagation de la maladie, MSF s'est mobilisée en urgence en lançant des campagnes de vaccination massives à travers le pays. Cette épidémie est reconnue par l'OMS comme étant la plus grande épidémie de rougeole sévissant actuellement dans le monde. En l'espace de deux ans, elle a fait 6 600 victimes dans le pays.
Plus rares, les fièvres hémorragiques sont aussi présentes dans le pays. Une épidémie de fièvre jaune s’est propagée depuis l’Angola jusque dans les régions du sud-ouest de la RDC en 2016, puis les maladies à virus Ebola sont réapparues dans le pays. D'abord en 2018 en Équateur, puis de 2018 à 2020 dans les provinces du Nord-Kivu, de l'Ituri : c'est la dixième épidémie d'Ebola en RDC et la plus importante de son histoire. Avec un taux de létalité de 67 %, le virus a tué plus de 2 300 personnes. Les équipes MSF ont été impliquées dans plusieurs activités : soins aux patients, vaccination, renforcement des mesures d’hygiène et de contrôle des infections et sensibilisation à la maladie dans les communautés. En 2020, la dixième épidémie d'Ebola prend fin, mais une onzième est déclarée quelques semaines plus tard dans la province de l'Équateur, avec un taux de létalité toutefois inférieur à la précédente (43 %). Les foyers épidémiques sont cette fois plus sporadiques, éparpillés le long d'une vaste région fluviale. L'introduction d'un vaccin et une nouvelle approche, davantage centrée sur les soins curatifs apportés directement aux patients via des cliniques mobiles dans les communautés, semblent porter leurs fruits. Aujourd'hui, la létalité du virus reste grave, mais la maladie est néanmoins traitable, voire possiblement évitable grâce à la vaccination.