Au Soudan du Sud, la plupart des services médicaux sont fournis par des acteurs humanitaires. Aucun système de santé n’a jamais été réellement mis en place dans ce pays ravagé par des décennies de guerre et le gouvernement n'alloue que 2,6 % de son budget à la santé. Pour beaucoup de communautés, les traitements sont souvent inexistants ou difficiles à obtenir.
Le pays a depuis longtemps l'un des taux de mortalité maternelle les plus élevés au monde. Dans l'État de Bahr-El -Ghazal du Nord, MSF gère la maternité de l'hôpital d'Aweil, la capitale, en prodiguant des soins aux femmes et nouveau-nés. Chaque mois, les équipes assistent environ 500 accouchements.
Durant la saison des pluies, le Soudan du Sud abrite l'une des régions les plus marécageuses au monde, favorisant l'augmentation des cas de paludisme et des maladies liées à l'eau. Le service pédiatrique de l'hôpital d'Aweil, également géré par MSF, augmente ainsi ses capacités pour traiter des milliers d'enfants contre le paludisme. Alors que la plupart des enfants atteints de paludisme ne nécessite pas d'hospitalisation, MSF diagnostique et admet des enfants atteints de la forme sévère du paludisme qui peut entraîner des complications graves – voire mortelles –, comme des convulsions, des problèmes respiratoires, des insuffisances rénales ou de l'anémie sévère.
Les équipes MSF répondent également régulièrement à des épidémies de rougeole ou de choléra et prennent en charge les enfants atteints de malnutrition de le pays.
De plus en plus d'épisodes d'inondations
La seconde moitié de 2019 a été marquée par des inondations sans précédent, affectant près d'un million de personnes. À Pibor, une des zones les plus touchées, le centre de santé MSF a été submergé par les eaux. Pour répondre en urgence aux besoins des populations, MSF a mis en place une structure temporaire sous tente pour pouvoir dispenser des services ambulatoires, d'hospitalisation et de maternité. En 2020, ce sont environ 800 000 personnes qui ont été affectées par des pluies diluviennes, inondant les maisons et laissant les populations sans nourriture, eau, ni abri. MSF a ainsi fourni des soins médicaux dans les zones atteintes par les inondations (région du Grand Pibor, État de Jonglei, du Nil Supérieur et de l'Unité) et a également distribué des bâches et des moustiquaires aux ménages les plus touchés. La ville enclavée d'Old Fangak d'environ 30 000 habitants, dans l'État de Jonglei, a été particulièrement touchée par les inondations, de juillet à novembre 2020. L'hôpital de la ville, où les équipes MSF traitent des centaines de patients chaque mois, est resté au-dessus du niveau des eaux grâce à des plates-formes construites par MSF en 2018.