Les maladies tropicales négligées (MTN) sont des maladies virales (dengue, chikungunya, rage), bactériennes (ulcère de Buruli, pian, lèpre, trachome) et parasitaires (maladie de Chagas, maladie du sommeil, leishmaniose viscérale et cutanée) n'étant pas considérées comme de véritables priorités de santé mondiale. Si ces maladies tropicales sont pour certaines largement méconnues du grand public, l’OMS estime que plus de 1,7 million de personnes ont besoin d’un traitement pour au moins une MTN chaque mois. Certaines d’entre elles sont mortelles, d’autres provoquent des lésions graves. Elles concernent majoritairement les pays en voie de développement et sont globalement délaissées par la recherche médicale et les industries pharmaceutiques. Des interventions stratégiques sont recommandées par l'OMS pour lutter contre la charge des MTN : la chimioprévention ; la prise en charge individuelle des cas ; la lutte contre les vecteurs des maladies ; l’eau, l’assainissement et l’hygiène ; la santé publique vétérinaire.
Depuis sa création en 2003 par MSF, le DNDi prend part à la recherche et au développement de médicaments essentiels pour lutter contre les MTN en coordonnant des projets d'envergure internationale, en partenariat avec le secteur public, l'industrie pharmaceutique et d'autres partenaires concernés. Il a ainsi mis au point 8 traitements pour 5 maladies mortelles, ce qui a permis de sauver des millions de vies. Depuis 2009, le DNDi travaille notamment à développer des traitements oraux de courte durée, sûrs et efficaces contre la maladie de Chagas, via sa Plateforme de recherche clinique sur la maladie de Chagas. En 2018, le DNDi, en partenariat avec le laboratoire français Sanofi et les programmes nationaux de la République démocratique du Congo et de la République centrafricaine (soutenus par MSF), a par exemple achevé le développement et l'homologation du fexinidazole, un traitement oral hautement efficace contre la maladie du sommeil.